食用深海鱼油的份量过高会导致血液不容易被凝结，会增加出血的风险，营养专家建议每次服用深海鱼油应低于3克的量，这样的剂量对于大多数人来说还是很安全的，不会引起任何深海鱼油的副作用。深海鱼油的副作用通常的表现为：会有口臭的情况发生，会稀便甚至皮肤会出现皮疹。在选择鱼油类补充剂的时候，一定要选择相对纯度高的鱼油，避免购买受污染的鱼油产品。
有肝病的患者要少剂量服用鱼油，如果摄入鱼油剂量过高会导致肝病患者肝脏出血的危险，对鱼类海鲜类过敏的人群最好谨慎服用鱼油产品，因为服用鱼油补充剂有可能会导致人体皮肤过敏，抑郁症患者不要食用深海鱼油，摄入过高的鱼油会加重抑郁症的病情，糖尿病人群不要服用鱼油产品，深海鱼油会使血糖控制更加的困难。
随餐服用深海鱼油补充剂，往往可以减少这些副作用的产生。某些鱼类，特别是鲨鱼、鲭鱼和养殖鲑鱼，可能会受到汞和其他化学品的污染。因此，选择鱼油类补充剂时，要选择纯度高，提取自深海无污染鱼类的鱼油产品。
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