很多正在服用褪黑素的朋友，都在担心褪黑素的副作用有哪些，副作用对身体有什么影响，这是在所难免的。作为一款和睡眠相关的产品，褪黑素是有一定的副作用的，并且如果长期服用褪黑素，很有可能导致性欲减退，所以如果服用褪黑素的朋友觉得，睡眠有所好转，可以停用褪黑素。
褪黑素热早已消退。褪黑素热潮刚刚兴起不久，美国卫生部的专家就在一个专门研讨会上提出警告：若任意而不分青红皂白地乱吃，可能有危险。一位科研人员表示，美国食品药物管理局把褪黑素当成食物补充品，所以不以药物列管，但市面上的褪黑素产品剂量太高，因此有的会造成低体温、释放过多泌乳激素导致不孕，还有降低男性性欲的副作用。其他如国立营养食物学会也强调，必须在医生指导下、低剂量使用，以免发生危险。
在欧洲各国，对褪黑素的管制数德国最严格。到目前为止，因褪黑素的功能尚不确切，德国尚不允许对其作为药物进行登记。
德国是第一个将松果体、褪黑素及生殖机能联系在一起研究的国家。1998年，德国医生Offo Heubner发现一个男孩性早熟，同时发现这个男孩松果体的肿瘤，正常组织已被破坏。也正是由于松果体遭到毁坏，这个男孩才出现性早熟。于是这位医生第一个提出了松果体抑制性腺发育的概念。此后，人们还通过动物实验证明了松果体分泌的褪黑素这方面的作用。给动物注射褪黑素会出现诸多抗生殖机能的现象，如延缓未成熟动物的性成熟，抑制动物的自发性排卵和发情反应。用褪黑素给兔子注射，不仅使雌雄两性生殖器官较正常细小，身体较矮小，而且雌兔卵巢内卵泡退化，子宫肌肉减少，雄兔的曲精管内精细胞退化。如继续注射到6个月，不论雌雄，都失去了生殖能力。因此一些研究者据此得出结论，褪黑素起着明显的抑制生殖机能的作用。这一点，连褪黑素产品专利执有者、美国马萨诸塞工业大学的乌特曼博士(此人曾在脑白金的宣传材料中隆重出场，但记者核对其论文的英文原文，发现其对褪黑素的功能出言极为谨慎。)也完全认同。
长期服用可致性欲减退
褪黑素并非不能用，只是它只适合某些情况下的短期使用，忌超量、长期服用。
人体能自然产生褪黑素，它是哺乳动物和人类的松果体产生的一种胺类激素，是内分泌的一部分，参与睡眠的生理过程。有的人睡眠不好，就额外补充褪黑素，这种做法实际上干扰正常的生理过程，“可能最明显的副作用就是性欲降低，所以年轻人最好别服”。
此外，长期服用褪黑素还可能不吃就睡不着了。专家表示：“长期服用褪黑素，会导致自身褪黑素的分泌减少，当你停服褪黑素时，用进废退的作用就出来了，你自身的褪黑素分泌功能很可能恢复不回来或只能恢复一部分了，这就形成了依赖，以前不用褪黑素还勉强睡得着，长期使用后，不用你可能睡不着了，当然其依赖程度没有滥用安眠药那么严重。”